И не поймешь, пока даташит на МК не изучишь.
Я сразу говорил, что изучать МК нужно постепенно. Начать с Ардуино. Не надо прыгать на нижний уровень без должной подготовки.
Работа таймера выполняется определенным образом. За это отвечают свои регистры. Нужно учитывать, на какой частоте в данный момент работает кристалл, какие "фьюзы" прошиты и еще массу "интересных" параметров.
В Ардуино для работы с таймерами есть библиотеки с наглядными и очевидными методами, где не нужно париться с "деталями".