Соглашусь с тезкой из Мск
Ехать нужно сначала в Прагу, погулять по ней пару-тройку дней, почувствовать волшебство города. В Вары можно попасть на автобусе. В принципе, на Вары можно выделить один день, для осмотра всего основного хватит. Ну а если водички попить хочется, то можно и остаться

В Праге лучше всего селиться в центре (Прага 01, если не ошибаюсь). Так вы будете рядом со всеми основными достопримечательностями и сможете гулять пешком. Из неназванных я бы обратил внимание на Вышеград. Оттуда отличный вид на весь город. Не нужно думать, что в центре очень дорого. Там можно найти уютный отель за умеренные деньги (+-50Е) для этого мониторьте букинг почаще.
Вообще, вот так советовать достаточно сложно, т.к. все люди разные - кто-то любит ходить "толпой" за гидом по туристким тропам, а кто-то безумно любит бродить по старинным улочкам самостоятельно и впитывать дух города в индивидуальном порядке. В Праге и то и другое может получиться достаточно хорошо. Главное, это хорошая погода. Моя мама раньше очень часто моталась в Чехию. По ее словам Прага самая волшебная - когда цветет сирень

А это конец апреля - начало мая.